别府地区最早的历史纪录是出现“丰后国风土记”以及“伊予国风土记”中，其中记载了此地为温泉地。从明治初期就已经是著名的温泉景点，每年约有八万名旅客为了温泉来到别府；到昭和初期时已成长至每年近200万名旅客，也成为全日本最大的温泉区；2009年每年约有四百万旅客，也因此全市就业人口中有超过八成是从事服务业。